La URSEA dispone de su propia fuente de financiamiento a través de la recaudación de la Tasa de Control del Marco Regulatorio de Energía y Agua, creada por el artículo 192 de la Ley Nº 17.930 de 19 de diciembre de 2005, asi como del canon recibido por los concesionarios de servicios públicos según lo establece el artículo 193 de la citada ley.

El crédito presupuestal es aprobado por el Parlamento Nacional, y la ley dispone que la tasa financiara exclusivamente su presupuesto. En caso de existir excedentes de recaudación en comparación con el presupuesto aprobado, la diferencia será devuelta a los sujetos pasivos de la tasa, en proporción a lo pagado. La formulación del presupuesto se realiza en función de los lineamientos establecidos para el Área Programática, el Objetivo del Inciso Presidencia y los Objetivos Estratégicos de la URSEA.

La ejecución anual se realiza en función de la planificación realizada, coordinando la evolución con el resto de las Unidades Ejecutoras de Presidencia, a los efectos de hacer más eficiente el uso de los recursos financieros.